В рамках магистерской программы изучаются следующие дисциплины:

• Программные средства компьютерного моделирования
• Системный анализ интеллектуальных комплексов
• Системный анализ и управление в таможенном деле
• Моделирование сложных систем
• Теория моделирования и принятия решений
• Управление и правовая охрана РИД
• Автоматизированные системы управления предприятия
• Информационные технологии в таможенном деле
• Системный анализ таможенных рисков
• Системный анализ в логистике закупок, управления запасами и транспортировке грузов
• Таможенное оформление и таможенный контроль с использованием автоматизированных систем обработки информации
• Управление передачей технологий
• Патентные исследования

Выпускники могут работать в таможенной службе и околотаможенной сфере (брокерских, логистических, транспортных компаниях, на складах временного хранения и таможенных складах), а также на крупных предприятиях — участниках внешнеэкономической деятельности.